Menchov domina la dodicesima tappa, una crono di 60,6 km da Sestri Levante a Rio Maggiore, ed indossa la maglia rosa, per 34 secondi ad un supercombattivo Danilo Di Luca.
Secondo posto per lo statunitense Levi Leipheimer (staccato di 20 secondi) che precede un ottimo Stefano Garzelli e lo sloveno Brajkovic. Sesto Pellizotti, davanti a Di Luca. 11° Ivan Basso, 13° Armstrong.